風(fēng)險投資屬于買方金融范疇，目的在于以投資收益的方式獲得高額回報，同時包含融資和投資兩個過程，但是風(fēng)險投資人的角色和地位不同。風(fēng)險投資包括三方利益主體：投資者、風(fēng)險投資人、創(chuàng)業(yè)企業(yè)家，在融資和投資兩個過程中分別存在委托代理人問題。對于風(fēng)險投資而言，融資是第一位的，解決風(fēng)險投資人和投資者之間的信息不對稱是采取何種組織形式的決定因素。目前，在風(fēng)險投資市場發(fā)展成熟的國家，主要有公司制和有限合伙制兩種形式。
    從企業(yè)組織結(jié)構(gòu)形式看，公司制企業(yè)產(chǎn)權(quán)易于轉(zhuǎn)讓、可以永久存續(xù)、股東負(fù)有限責(zé)任，這有利于企業(yè)籌集資金，也使得投資者更易于退出，股東對管理層約束能力強。因此公司制企業(yè)有更加廣泛的社會基礎(chǔ)。在風(fēng)險投資業(yè)內(nèi)，合伙企業(yè)都是采取有限合伙制形式，其中至少有一人是一般合伙人。盡管有限合伙制創(chuàng)立成本低，但是由于無限責(zé)任、有限存續(xù)、產(chǎn)權(quán)不易轉(zhuǎn)讓等，導(dǎo)致合伙制企業(yè)難以湊集資金。合伙制企業(yè)更需要合伙雙方或者多方的信任基礎(chǔ)，否則就會一拍兩散，隨時終結(jié)企業(yè)生命。
    選擇何種企業(yè)組織形式，除了籌資的考慮，投資收益是非常重要的因素。其中稅收問題直接影響投資人的投資收益率的高低。目前，世界各國稅制比較普遍的規(guī)定是，對合伙制企業(yè)的收入按照合伙人征收個人所得稅，沒有企業(yè)所得稅。公司制企業(yè)不僅要負(fù)擔(dān)企業(yè)所得稅，股東收到股利后還需要繳納個人所得稅。公司制下的投資人稅負(fù)較重。按照法人利益角度看，公司制下的納稅并不是現(xiàn)在通常所稱的“雙重納稅”。而合伙制企業(yè)的納稅得到了政府從合伙制企業(yè)法人形式上對納稅的豁免，是一種稅收優(yōu)惠。因此，對合伙制企業(yè)的征稅規(guī)定實質(zhì)造成了同等競爭下的征稅不公平。目前，許多國家正在研究這一問題。
    公司制風(fēng)險投資機構(gòu)的組織形式在歐洲風(fēng)險投資業(yè)早期和發(fā)展中國家比較流行，其原因如前文所述，公司制的風(fēng)險投資公司相對難以解散，這有助于給予潛在投資人以信心，尤其在風(fēng)險投資業(yè)剛剛起步時。在美國和英國，目前相當(dāng)部分的風(fēng)險資本依據(jù)《有限合伙企業(yè)法》設(shè)立，有限合伙制是美國最主要的風(fēng)險投資機構(gòu)組織形式。
    風(fēng)險投資有限合伙制組織形式，投資項目選擇、投資過程管理，以致最終清算投資業(yè)務(wù)，幾乎全部由普通合伙人負(fù)責(zé)完成。作為風(fēng)險投資基金資金來源主要提供者的有限合伙人是“有限合伙人一普通合伙人”這一委托代理關(guān)系中的委托人，他們必須關(guān)注普通合伙人的行為和決策，以維護自身的利益。通過有限合伙制企業(yè)的自身特性和合伙協(xié)議的商定，在一定程度上解決了委托代理關(guān)系中經(jīng)常面臨的代理問題和監(jiān)管困難問題。    比如，有限合伙制企業(yè)的有限存續(xù)期限和普通合伙人的報酬與企業(yè)業(yè)績相關(guān)等。盡管有限合伙制在有效的合伙協(xié)議和恰當(dāng)?shù)募顧C制下，能比公司制形式較好地解決委托代理關(guān)系中的利益沖突。但是由于其有限的存續(xù)生命，普通合伙人必須持續(xù)籌集新的資本，資金來源又是建立在合作雙方相互信任的基礎(chǔ)之上，而且需要一個高度發(fā)達的資本市場體系，包含各種不同層次的市場結(jié)構(gòu)，能夠確保私人投資者的利益。因此，在資本市場體系夠發(fā)達，社會誠信體系不健全和失信成本很低，以及無限責(zé)任不能從法律上得以確保的環(huán)境下，公司制反而是風(fēng)險投資機構(gòu)選擇的組織機構(gòu)形式。
    目前，公司制是我國風(fēng)險投資機構(gòu)的主要組織形式，有限責(zé)任公司占有絕對比重。由于缺少成熟風(fēng)險投資管理人群體的支撐，有限合伙制中一般合伙人承擔(dān)無限責(zé)任的規(guī)定還需要建立個人財產(chǎn)制度和信用制度，我國風(fēng)險投資機構(gòu)的組織形式向有限合伙制轉(zhuǎn)變還需要一個過程。2008年，179家風(fēng)險投資機構(gòu)中，有限責(zé)任公司制占56.98%，但有限合伙制的風(fēng)險投資機構(gòu)比例從2004年的2%增加到2008年的24.58%。這種快速的轉(zhuǎn)變主要得益于合伙企業(yè)法的修訂內(nèi)容對有限合伙企業(yè)的法律確認(rèn)。